فرآیند اصلی عملیات یک ماشین فرز CNC معمولاً شامل روشن کردن، بازگشت به نقطه مرجع، ورودی برنامه، بستن قطعه کار، تنظیم ابزار، ماشینکاری و خاموش کردن است. رویههای عملیاتی ایمنی باید در حین کار رعایت شود، مانند لباس مناسب و استفاده صحیح از دکمه توقف اضطراری.
پنل عملیات سیستم CNC معمولاً از یک مانیتور CRT، یک پنل MDI و یک صفحه کنترل ماشین ابزار تشکیل شده است. برنامه نویسی یک مهارت ضروری برای کار با دستگاه فرز CNC است که شامل برنامه نویسی دستی و خودکار است.
در ماشینهای CNC مانند مراکز ماشینکاری، فرز صعودی به دلیل عمر ابزار طولانیتر و پچ پچ کمتر، به روش استاندارد برش صنعتی تبدیل شده است.
انتخاب پارامترهای برش باید از اصول خاصی پیروی کند: هدف خشن کردن نرخ حذف فلز بالا است، در حالی که هدف نهایی برای کیفیت بالای سطح است. پارامترهای کلیدی مانند سرعت برش Vc و نرخ تغذیه جدول F را می توان با استفاده از فرمول ها محاسبه کرد.